明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

天雨星是一個(gè)與眾不同的男生，頭腦聰明，體育全能，并且不管參加什么比賽，都能奪得冠軍。然而年復(fù)一年，他厭倦了這些，總想做些不一樣的事情。雖然他參加過不少興趣班，但是他都不感興趣，他甚至不知道自己喜歡干什么【其實(shí)有喜歡做的事，甚至把它定為最終目標(biāo)，不過家人反對(duì)，就放棄了】。直到有一天他收到一張傳單，告訴他有一個(gè)叫“夢(mèng)想世界”的地方，可以做任何自己喜歡的事情，男生滿懷欣喜的來到在這里，本以為終于可以開心做自己喜歡的事了，卻沒想到自己陷入到一個(gè)陰謀當(dāng)中......