明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

小學老師安傾時隔九年與初戀對象易言城再次相遇。當年因為一次滑雪的意外，易言城成為了間接害死自己姐姐安妮的兇手，安傾雖然只身離開這座城市，但依然沒有放下對他的感情。重遇時他已是成功的上市公司總裁，兩人間如同往日般的默契再加上自己的學生趙奇奇的有意撮合之下，他們很快又再次走到了一起。然而阻擋在安傾戀愛之路上的還有很多阻礙，未婚妻葉小姐，家人的不接受，如同巨石一般壓在她的心頭，一次又一次的擾亂她的生活。

一個滿是“門”的空間，這里被稱之為閥限世界，在這里門就是水閥，怪物是水流，一旦閥門失控怪物便會破門而出，如潮水般的涌入現(xiàn)實世界， 而兩個時間線里的兩支隊伍，分別是無以名為首的神仙組，段武常為首的超物質調(diào)查團隊，他們?yōu)樽柚惯@場末日浩劫，決定奮力一戰(zhàn)！ 隨著調(diào)查的深入，一個更大的陰謀浮出水面！

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。