明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

在未來科學(xué)家制造了“盤古”這臺毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭結(jié)束16年后，盤古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動能力的機(jī)器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭機(jī)器人，開始報復(fù)人類，大舉進(jìn)攻人類。