原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

什么坑爹系統(tǒng)，毀滅自家宗門就能無敵，增強自家宗門就會被抹殺，偏偏這時宗主硬要我收徒弟。誒~我收徒不等于我要好好教，讓徒弟把宗門坑沒了也一樣，不等式做題就是快！美女徒弟快快來！