在人類(lèi)快速的發(fā)展下，人類(lèi)和妖怪之間的平衡被打破。隨著環(huán)境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉(xiāng)生活在人類(lèi)城市。然而妖怪卻沒(méi)有屬于自己的法律保障和社會(huì)權(quán)力，這是一個(gè)人類(lèi)為妖怪構(gòu)建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運(yùn)呢？

妖神一出，誰(shuí)與爭(zhēng)鋒？ 這是一個(gè)妖靈的世界，融合了妖靈，就可以成為強(qiáng)大的妖靈師。 因?yàn)橐槐緯r(shí)空妖靈之書(shū)，時(shí)空發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，當(dāng)一切重新開(kāi)始之時(shí)，命運(yùn)之輪緩緩轉(zhuǎn)動(dòng)。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

女主陽(yáng)蘿目睹母親被吸入一本天書(shū)，為了尋回母親，陽(yáng)蘿開(kāi)始四處收集天書(shū)，并在“藏書(shū)閣”昴和男主人公習(xí)語(yǔ)的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書(shū)越多，陽(yáng)蘿發(fā)現(xiàn)母親竟然是天書(shū)里面的人物，并與身為人類(lèi)的父親產(chǎn)生了愛(ài)的結(jié)晶，生下了自己。陽(yáng)蘿有一半天書(shū)血統(tǒng)的事瞬間引起了很多藏書(shū)閣的注意，并對(duì)陽(yáng)蘿采取了回收行動(dòng)。于是陽(yáng)蘿一邊應(yīng)對(duì)這些藏書(shū)閣，一邊加快速度收集天書(shū)。