很久以前，妖獸橫行，禍害人間，百姓民不聊生。就在這時(shí)，一位仙人出現(xiàn)，他將妖獸引領(lǐng)到一個(gè)世外秘境，這個(gè)秘境被后人稱之為“山海界”。 數(shù)百年過去了，某一天仙人設(shè)下的結(jié)界受到破壞，部分靈獸出逃人間，為了將靈獸尋回，現(xiàn)任守界者靈發(fā)仙人來到人類的世界。然而此時(shí)此刻，孟然和同學(xué)正因?yàn)檎`闖后山而遇到傳說中的兇獸窮奇……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

千年蛇妖趁封印變?nèi)跆恿顺鰜砗蟊焕习逅龋瑱C(jī)緣巧合下遇見了前往陽界收回冥魂的判官大人崔鈺。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

董明身為董家家族天才，突遭族兄暗害被廢全身筋脈，期間又被陷害，最后被迫離開家族和姨娘相依為命。 董明不甘如此，他不斷努力，想要重回巔峰一雪前恥！ 命運(yùn)總是眷顧努力的人，董明得到了上代人皇守護(hù)“靈小塔”的幫助和賞識(shí)。靈小塔本奉命來尋找下代人皇，巧與董明結(jié)緣，傳給了他修煉之道，助董明逆天改命。 從此董明修為不斷攀升，最終開拓出一條人類修行的最強(qiáng)道路，“人皇”之道！