一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫(huà)劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰(zhàn)中隱匿了痕跡——混戰(zhàn)中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現(xiàn)在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說(shuō)和教會(huì)的宣傳口號(hào)，但是除了精靈族外的其他種族其實(shí)在地上界還各有活動(dòng)，只是隱藏了真實(shí)身份。拉法爾，來(lái)自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來(lái)到人間界，遇見(jiàn)各色各樣的人類(lèi)，并與其中三個(gè)伙伴組成團(tuán)隊(duì)一起粉碎邪惡的陰謀。